Pierwsze rozłamy pojawiły się w Kościele w już w III w.
Przedmiotem sporu stały się kwestia dyscypliny pokutnej, ważności chrztu udzielanego przez heretyków i roli biskupa w Kościele. Na początku IV w. od Kościoła Zachodniego odłączyli się donatyści, czyli zwolennicy biskupa Kartaginy Donata, głoszącego, że chrześcijanie, którzy wyparli się wiary w czasie prześladowań za panowania cesarza Dioklecjana jako zdrajcy nie mogą być powtórnie przyjmowani do Kościoła. W IV w. Poważnym problemem w Kościele stała się nauka pochodzącego z Aleksandrii kapłana Ariusza, który zaprzeczając równości Ojca i Syna zakwestionował bóstwo Jezusa Chrystusa. Arianizm potępił zwołany w 325 r. sobór w Nicei, który uznał, że Syn jest współistotny Ojcu, czyli że Osoby Trójcy Świętej są sobie równe w bóstwie. Zwolennicy Ariusza, którzy nie przyjęli orzeczenia soboru, zostali wyłączeni z Kościoła.
W V w. powstał pelagianizm, czyli niezgodna z nauczaniem Kościoła doktryna akcentująca zasługi ludzkiego wysiłku, a pomijająca rolę łaski Bożej w procesie uświęcenia człowieka. W połowie V w. Doszło do kolejnego rozłamu w Kościele. Powodem stała się interpretacja połączenia boskiej i ludzkiej natury w Chrystusie. Teolog z Antiochii o imieniu Nestoriusz tak bardzo oddzielał bóstwo Chrystusa od Jego człowieczeństwa, że zaprzeczył boskiemu macierzyństwu Maryi, twierdząc iż nie przysługuje Jej tytuł Bogurodzicy, ponieważ urodziła tylko Jezusa człowieka. Nestorianie zostali potępieni na soborze w Efezie w 431 r. Spór o połączenie natur w Chrystusie jednak nie umilkł, pojawiły się kolejne błędne interpretacje. Ostatecznie kres dyskusjom na ten temat położył sobór zwołany w 451 r. do Chalcedonu, który stwierdził, że Jezus Chrystus jest jednocześnie prawdziwym Bogiem i prawdziwym człowiekiem.
Prawosławie - efekt schizmy wschodniej. W 1054 r. rozegrał się ostatni akt trwającego kilka wieków dramatu, u źródeł którego leżały nie tylko spory doktrynalne, ale również przyczyny polityczne. Papież Leon IX obłożył ekskomuniką patriarchę Konstantynopola Michała Cerulariusza za niestosowanie w wyznaniu wiary Filioque (sformułowania o pochodzeniu Ducha Świętego od Ojca i Syna Bożego). Patriarcha publicznie spalił bullę z ekskomuniką i odpowiedział ekskomunikowaniem papieża. Rozeszły się drogi chrześcijaństwa rozwijającego się na Wschodzie i na Zachodzie ówczesnego świata, a wzajemne niechęci z biegiem czasu utrwaliły się w świadomości społecznej.
Protestantyzm – wynik Reformacji. W 1517 r. były augustianin Marcin Luter ogłosił w Wittemberdze 95 tez, w których zakwestionował szereg praktyk i nauk Kościoła katolickiego (z których najgłośniejszą był handel odpustami) oraz domagał się przeprowadzenia w nim radykalnych reform. Chciał sprowokować pozytywne zmiany, a wywołał rozłam. Na Sejmie Rzeszy Niemieckiej w Augsburgu w 1530 roku cesarzowi Karolowi V przedstawiono tekst Augsburskiego Wyznania Wiary, zawierającego zbiór podstaw doktrynalnych nowego wyznania. Z czasem w łonie protestantyzmu przyszły kolejne podziały. Powstały nowe Kościoły i wspólnoty kościelne, pojawiały się nowe nurty: kalwini, baptyści, metodyści, Adwentyści Dnia Siódmego, prezbiterianie, liczne Kościoły zielonoświątkowe...
Anglikanizm – uwolnić się od władzy papieża. W 1534 r. parlament angielski ogłasza króla jedyną i najwyższą głową Kościoła w Anglii na ziemi. Kościół w Anglii ostatecznie odłącza się od Kościoła powszechnego. Do schizmy doprowadził trwający od kilku lat spór między królem Henrykiem VIII a Stolicą Apostolską o unieważnienie jego małżeństwa z Katarzyną Aragońską i zgodę na poślubienie Anny Boleyn. Stolica Apostolska po zbadaniu sprawy ostatecznie nie zgodziła się na unieważnienie małżeństwa i ponowne małżeństwo króla. Henryk VIII zerwał więc łączność z papieżem. Z czasem Kościół anglikański uległ wpływowi luteranizmu i przyjął luterańskie zasady wiary.