Tuż przed Bożym Narodzeniem pisał do biskupa Popiela również opat wywiezionych z Pułtuska benedyktynów, informując o trudnym położeniu współbraci. Skarżył się, że ”są pozbawieni wszelkich środków”. Brak im było ubrania, bowiem nie mieli czasu zabrać wszystkich swoich rzeczy z Pułtuska. Brak było niezbędnych środków leczniczych, były trudności ze zdobyciem żywności, a od rządu dostali tylko po 10 rubli. Cały czas pozostawali pod strażą wojskową wystawieni nieraz na szykany. Dlatego prosił opat w imieniu wszystkich wywiezionych zakonników biskupa o opiekę.

”Trudne były czasy – pisał o bp. Popielu bł. abp Antoni Julian Nowowiejski – w których episkopat ten wypadł. Zamykano klasztory, zabierano majątki kościelne…”. Bp Popiel boleśnie to przeżywał, bo kasacie klasztorów towarzyszyło grabienie majątku, zakonników wywożono do miejsc zbiorczych, gdzie skazani byli na bezczynność, gdy tymczasem niektóre tereny odczuwały dotkliwy brak kapłanów. Nie załamało to biskupa, który słał nieustannie pisma do Dyrektora Głównej Komisji Rządowej Spraw Wewnętrznych i Duchownych, inerweniując w różnych sprawach, często z dobrym skutkiem, bo był nieustępliwy, szczególnie gdy widział jawną niesprawiedliwość i gwałt.

Do duchownych i diecezjan w tym trudnym momencie wystosował słynny list pasterski, w którym zawarł jednak słowa otuchy i pokrzepienia: ”Kościół katolicki to płodna matka wydająca ciągle nowe zgromadzenia dla zbawienia ludzi. Ileż to razy, gdy świat o Bogu zdał się zapomnieć, powstaje naraz człowiek cichy, wielki miłośnik Boga i ludzi. Bóg mu posyła towarzyszów, inni idą jego śladem, poddają się jego kierownictwu, przepisują sobie sposób życia i oto nowy zakon, nowa reguła, którą Kościół w mądrości swej rozważa, popiera i zatwierdza”.

Dopiero rok 1905 i tzw. ukaz tolerancyjny spowodowały pewne odprężenia i złagodzenia, aby mogły na nowo rozwijać się zakony w zaborze rosyjskim. Ale już o wiele wcześniej, po cichu, w ukryciu i dyskrecji w Zakroczymiu działał bł. o. Honorat Koźmiński, fundator wielu ukrytych zgromadzeń zakonnych. - Patrzmy na bł. o. Honorata! Choć ten gorliwy zakonnik i żarliwy patriota, trafił tu, do Zakroczymia, przymuszony carskim ukazem, to jednak nie zwątpił, nie poddał się, nie zakopał duchowych darów. Oto jego talent, który w tym klasztorze szczególnie rozwijał - rozeznanie i pełnienie woli Bożej. Do swoich współbraci, często wtedy powtarzał: „Tu nas Pan Bóg chce mieć, a więc i tu pracować będziemy” – mówił bp Piotr Libera, w czasie Mszy św. 16 listopada w kościele kapucyńskim w Zakroczmiu, z okazji 125-lecia istnienia Zgromadzenia Sióstr Wspomożycielek Dusz Czyśćcowych.