Z okazji jubileuszu Mszy św. w sanktuarium św. Jana Pawła II w Krakowie przewodniczył abp Marek Jędraszewski. Wielki Kanclerz UPJPII przeczytał na rozpoczęcie obchodów list papieża Franciszka. "Wraz z wami dziękuję Bogu za tę ponadsześciowiekową tradycję z całym dorobkiem naukowym i dydaktycznym, jak też szczególną duchowością tworzoną przez świętych założycieli, profesorów i studentów" - zapewnił Ojciec Święty.

"Historia, na której budujecie teraźniejszość, jest niezwykła i doniosła, ale zarazem zobowiązująca. Dzisiejsze czasy bowiem wymagają od nas wszystkich, żeby nie zapominać o tradycji, ale równocześnie z nadzieją patrzeć w przyszłość i tworzyć przyszłość" - wskazywał papież.

Franciszek nawiązał do dewizy krakowskiego uniwersytetu: "Idźcie i nauczajcie". "Św. Jan Paweł II wskazywał na potrzebę takiej posługi myślenia, dzięki której środowiska uniwersyteckie włączają się w kościelną misję szerzenia Chrystusowego orędzia w świecie. Dlatego wierni wielowiekowej tradycji odczytujcie znaki czasu, podejmujcie z odwagą nowe wyzwania, aby skutecznie nieść współczesnemu człowiekowi i światu prawdę Ewangelii" - napisał.

"Niech wasz uniwersytet będzie miejscem formacji nowych pokoleń chrześcijan, nie tylko przez badania naukowe i dociekanie prawdy, ale także przez społeczne świadectwo życia wiarą. Niech będzie wspólnotą, w której zdobywanie wiedzy łączy się z promocją szacunku dla każdego człowieka ze względu na Boga, który go stworzył, i z troską o kształtowanie serc, o otwieranie ich na to, co najważniejsze, co trwałe i co nie przemija" - życzył społeczności akademickiej UPJPII w Krakowie.

"Młodzi ludzie mają swoje marzenia i swoje cele, a katolicki uniwersytet powinien im pomagać realizować je w oparciu o prawdę, dobro i piękno, które mają swoje źródło w Bogu. Wasza posługa myślenia i poszukiwania prawdy jest dzisiaj potrzebna Kościołowi w Polsce i w świecie. Pełnijcie ją w poczuciu odpowiedzialności za wierność waszej misji" - napisał Ojciec Święty na zakończenie listu.

Wydział Teologiczny istniał na Uniwersytecie Jagiellońskim od początku jego działalności. Jego fundatorką była św. Jadwiga Królowa. Papież Bonifacy IX bullą "Eximiae devotionis affectus" potwierdził i autoryzował istnienie i działanie wydziału w Krakowie.

W 1954 r. władze PRL usunęły Wydział Teologiczny z UJ. W 1959 r. Stolica Apostolska wydała dekret o jego reaktywacji, a w 1974 r., dzięki staraniom ówczesnego metropolity krakowskiego kard. Karola Wojtyły, uzyskał on miano Papieskiego Wydziału Teologicznego, który kilka lat później został przekształcony w akademię.

W czerwcu 2009 r. papież Benedykt XVI wydał dekret, na którego mocy Papieska Akademia Teologiczna została Uniwersytetem Papieskim Jana Pawła II. Obecnie na uczelni jest ponad 3 tys. studentów i doktorantów.