Jak przypomniał na początku Mszy św. rektor UPJPII w Krakowie ks. prof. Robert Tyrała, 625 lat temu papież Bonifacy IX bullą z 11 stycznia 1397 roku, na prośbę króla Władysława Jagiełły i jego małżonki królowej Jadwigi, erygował Wydział Teologiczny w Krakowie. W miejsce potwierdzonego przez Stolicę Apostolską w 1974 roku Papieskiego Wydziału Teologicznego, 8 grudnia 1981 roku na mocy motu proprio "Beata Hedvigis", papież Jan Paweł II zdecydował o powstaniu Papieskiej Akademii Teologicznej. W ramach Akademii zostały powołane trzy wydziały: teologiczny, filozoficzny i historii Kościoła. 

W homilii kard. Kazimierz Nycz podkreślał, że był to "krok profetyczny", sięgający wiele dziesiątków lat naprzód, aż do dzisiejszych czasów i następnych. - Jeżeli mówimy o pewnej dalekowzroczności, to trzeba mieć na uwadze przede wszystkim osobę kard. Wojtyły, późniejszego Jana Pawła II. On doskonale wiedział, jak ważną rzeczą jest wykształcenie księdza, katechety, teologa świeckiego, ludzi świeckich w Kościele, katolickiej inteligencji. Wiedział, że to znajdzie kiedyś historyczne potwierdzenie, gdy przyjdzie czas wolności - mówił metropolita warszawski.

Metropolita warszawski przypomniał historię uczelni, począwszy zwłaszcza od 1954 roku, kiedy to Wydział Teologiczny został usunięty z Uniwersytetu Jagiellońskiego, aż do współczesności. -  Droga do powstania uniwersytetu była długa i byli na niej ludzie, którzy potrafili myśleć na wiele dziesiątków lat naprzód, niejako intuicyjnie przewidywać, co się może wydarzyć i co będzie potrzebne, a wśród trosk tamtego  świata i Kościoła widzieli ważność i potrzebę uprawiania teologii, kształcenia ludzi w kierunku teologicznym - mówił.

Do głównych wyzwań uczelni katolickich kard. Nycz zaliczył interdyscyplinarność i wielowydziałowość, przytaczając zdanie ks. prof. Michała Hellera, który często powtarza, że "jeśli teologia nie chce pozostać w getcie współczesnego świata, musi się otworzyć na inne kierunki, inne dyscypliny naukowe, kościelne i świeckie". - To jest jedno z ważniejszych wyzwań naszego współczesnego czasu, żebyśmy się nie zatrzymali tylko na zamartwianiu się, że mamy mniej księży do kształcenia, kleryków, że mniej świeckich przychodzi, ale abyśmy umieli szukać dróg, które nas prowadzą do rozmowy - mądrej, bez kompleksów - ze współczesnym światem na płaszczyźnie nauki - wskazywał kaznodzieja.

Jego zdaniem, taka wymiana myśli jest nieodzowna, by Kościół - powołany, by głosić Ewangelię "dziś, nie jutro" - spełnił swoje zadanie.

Drugim ważnym wyzwaniem uczelni jest według kard. Nycza konieczność przygotowania ludzi do rozumienia "świata, który wyrasta z krzyża, który wyrasta z chrześcijaństwa". - Mądrze mówimy: ewangelizacja poprzez kulturę i ewangelizacja kulturowa. Jedno i drugie jest potrzebne. Dla kogoś, kto przyjdzie na te studia nie z motywów chrześcijańskiej wiary, to może będzie jakaś forma preewangelizacji - mówił kard. Nycz. 

Po Mszy św. nastąpiło wręczenie nagród rektora dla pracowników i studentów oraz medali "Zasłużony dla UPJPII", które otrzymali dwaj poprzedni rektorzy UPJPII ks. prof. Władysław Zuziak i ks. prof. Wojciech Zyzak, a także prof. Aleksander Bobko, ks. prałat Józef Jakubiec, ks. kanclerz Andrzej Lichosyt oraz Maria Zydroń.

Korzenie UPJPII sięgają utworzonego w 1397 roku przez papieża Bonifacego IX, dzięki staraniom św. Królowej Jadwigi, Wydziału Teologicznego w Akademii Krakowskiej.

Wydział ten był przedmiotem szczególnej troski abp. Karola Wojtyły, a od 16 października 1978 roku papieża Jana Pawła II. W motu proprio "Beata Hedvigis" z 8 grudnia 1981 roku polski papież ustanowił Papieską Akademię Teologiczną w Krakowie. Pierwszym rektorem nowej uczelni był ks. prof. Marian Jaworski, późniejszy metropolita lwowski.

Na pierwszym posiedzeniu po pogrzebie Jana Pawła II Senat PAT podjął uchwałę o rozpoczęciu starań o przekształcenie Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie w Uniwersytet Papieski Jana Pawła II. Starania te popierali wielcy kanclerze PAT: kard. Franciszek Macharski i kard. Stanisław Dziwisz, który zwrócił się do Kongregacji Edukacji Katolickiej 15 października 2005 roku z prośbą o utworzenie Uniwersytetu Papieskiego w Krakowie.

Kongregacja Edukacji Katolickiej 19 czerwca 2009 roku wydała dekret erygujący Uniwersytet Papieski Jana Pawła II w Krakowie.