W pogrzebie, prócz Episkopatu Polski,wzięli również udział przedstawiciele najwyższych władz państwowych, m.in. prezydent RP Andrzej Duda i premier Beata Szydło. Na wzgórzu wawelskim zgromadziło się kilkuset duchownych oraz tysiące wiernych archidiecezji krakowskiej, chcących pożegnać swojego pasterza, który przez ponad ćwierć wieku kierował diecezją.

Po godz. 8.30 trumnę z ciałem zmarłego, która od wczorajszego wieczora znajdowała się w nawie głównej katedry, przeniesiono na plac przed katedrą. Odmówiono przy niej brewiarzowe modlitwy jutrzni. Trumna pozostanie na placu do końca odprawianej przez kard. Stanisława Dziwisza  Mszy św., która rozpoczęła się o godz. 11. O godz. 10.15 kard. Dziwisz i biskupi uczestniczący w uroczystościach pogrzebowych wyjechali autokarami sprzed Domu Arcybiskupów Krakowskich na Wawel.

Po rozpoczęciu Mszy ks. Paweł Ptasznik odczytał list papieża Franciszka, skierowany po śmierci kard. Macharskiego do kard. Dziwisza. "Jestem wdzięczny Opatrzności, że dane mi było nawiedzić go podczas niedawnej wizyty w Krakowie. W tym ostatnim etapie życia był bardzo doświadczony cierpieniem, które znosił z pogodą ducha. Również w tym doświadczeniu pozostał świadkiem zawierzenia dobroci i miłosierdzia Boga. Takim pozostanie w mojej pamięci i modlitwie. Niech Pan przyjmie go do swojej chwały!" - napisał w liście Ojciec Święty.

O swym poprzedniku mówił kard. Stanisław Dziwisz. - Czyż nie jest wymowny fakt, że nazajutrz po dniach, w których Kraków rozbrzmiewał wielobarwną i wielojęzyczną rzeszą i radością setek tysięcy młodych chrześcijan z całego świata, odszedł do Pana człowiek, który uosabiał najlepsze cechy i wartości naszego Stołecznego Królewskiego Miasta? - powiedział metropolita krakowski.

- Dziś, otaczając jego trumnę w katedrze wawelskiej, z którą się zżył i którą umiłował, dziękujemy Bogu, że nam go dał. Towarzyszymy mu sercem i modlitwą w chwili, gdy zakończył już swoją ziemską wędrówkę i stanął przed obliczem Boga – Stwórcy i Pana ludzkich losów. Stanął nie sam, ale z Kościołem, któremu służył jako jego pasterz przez 27 lat. Dziś spocznie obok tych, którzy byli wzorami w jego służbie Chrystusowi – w krypcie obok kardynała księcia Adama Stefana Sapiehy pod ołtarzem św. Stanisława - dodał kard. Dziwisz.

Wspominał jego dokonania, wspominał go jako zwiastuna chrześcijańskiej nadziei, propagatora kultu Miłosierdzia Bożego oraz inicjatora dzieł miłosierdzia w archidiecezji krakowskiej. Mówił o nim jednak przede wszystkim jako o człowieku wiary. - Kardynał Franciszek był człowiekiem głębokiej wiary. To ona kształtowała jego duchowość, modlitewne skupienie, kontemplacyjne zanurzenia w Bogu, mistyczne przeżycia, ale także pasterską wrażliwość na drugiego człowieka, wyobraźnię miłosierdzia, towarzyszącą obecność w życiu innych ludzi oraz ducha służby i poświęcenia. Między jego wiarą a życiem nie było rozdźwięku, dlatego szybko stał się autorytetem w środowisku krakowskim, w Polsce i Kościele. Dla księdza kardynała wiara oznaczała przyjęcie odpowiedzialnego i zaangażowanego uczestnictwa w potrójnym posłannictwie samego Chrystusa: posłannictwie nauczycielsko-prorockim, mesjańsko-kapłańskim i królewsko-pasterskim - powiedział kard. Dziwisz.

- Księże kardynale Franciszku, dziękujemy ci za wszystko - zakończył metropolita krakowski.